自分が入社したい企業を探し出して直接アプローチするのは、何ら問題のあることではありませんので、ご安心ください。求人誌等を利用した転職活動ほど一般的ではありませんが、ご自身の希望が明確な場合、このようなアプローチをする方も少なくありません。失礼にあたるどころか、Ｓ.Ｈさんの意欲が強く印象づけられると思いますよ。

実際のところ、研究職をどの時期に何名採用するかといった採用計画は企業によって様々ですので、選考に応じていただけるかは企業ごとに異なると思います。ただ、積極的な採用活動を行っていない企業でも、問い合わせがあればその都度選考を行うこともありますし、次の中途採用時期を教えてくださる事もあると思います。ですから、ご希望の企業にはぜひ積極的にアプローチしてみてくださいね。

尚、中途採用では実務経験が重視されますので、ご応募の際は、大学時代の研究成果だけでなく、Ｓ.Ｈさんがソフトウェア開発で培った経験・スキルもしっかりアピールしてください。各プロジェクトにおいてご自身がどのように貢献してきたのかを振り返り、「これまでの経験が応募先企業でどのように活かせると思うか」を具体的にアピールすると効果的ですね。ぜひ頑張ってください。