現職が自営業であることが、特に不利になるということはないと思います。

中途採用で最も重要視されるのは、実務経験です。企業が求める経験やスキルをもっていれば、前職での就業形態はそれほど気になさらなくてもよいと思います。

詳しい事情が分からないために一般論となりますが、自営業の場合には、様々な業務を経験されていらっしゃることが多いです。その場合には、それぞれの業務を整理すると同時に、その中で、特に強みとなるスキルが何であるのか、また、ご応募する職種においては、どんな面で役立つことができるのか、ということを積極的にアピールすることをおすすめいたします。多くの業務をアピールするよりも、希望職種に焦点を絞ってアピールする方が効果的です。