退職の意向に関しては、メールではなく、しっかり口頭でお伝えするのがベストです。今までお世話になった上司だと思いますので、その感謝の気持ちを表すためにも、メールでは失礼と思われます。

まずは上司の方に電話などで連絡を取り「直接お話ししたいことがある」ということを伝え、スケジュールを調整していただきましょう。おそらくお話ししたいことがあるという相談を受けて、行動していただけないということはないと思います。

それでも直接会える機会を設けていただけないということでしたら、電話口でも良いですので、退職したいという意向のみを伝え、詳しいお話しは直接お会いした上でお伝えしたいということを相談してみてください。新しい職場へ気持ち良く入社するためにも、しっかり対応することをおすすめします。